Я написал заявление об увольнении 29.07, чтобы уволили с 31.08. С 03.09 перестал ходить на работу.

Сергей, я Вас поздравляю: с точки зрения закона, Вы работаете и никуда не увольнялись: "если по истечении срока предупреждения об увольнении трудовой договор не был расторгнут и работник не настаивает на увольнении, то действие трудового договора продолжается" (ст.80 ТК РФ). Поэтому у Вас два варианта действий: (1) потребовать немедленного расчёта с выплатой з/п, заработанной до 31.08, потому что Ваши права на расчёт в последний день работы были нарушены (тогда, правда, Вам придётся утверждать, что все дни с 31.08 Вы не работали, а ходили за трудовой книжкой и деньгами), или (2) написать заявление об увольнении ещё раз, после чего ещё раз отработать 14 дней. Правда, его Вам могут и не успеть удовлетворить: если Вы приходили работать, а не просто за трудовой книжкой и деньгами, трудовой договор возобновился и, следовательно, работодатель получил право уволить Вас за прогул. Впрочем, если прогул таки-внесут в трудовую книжку как основание для увольнения, Вы можете оспаривать эту запись в суде, ссылаясь, как уже было сказано, на то, что приходили за трудовой книжкой; работодатель может доказывать обратное, представляя свидетельские показания и прочие материалы (напр., служебную переписку).