Как правильно поступить, если работник ушел в отставку после обнаружения недостачи материальных ценностей и отказался получить заработную плату для покрытия убытков?

После такого ответа Вы рискуете получить исковое заявление о взыскании заработной платы, в том числе пени, и компенсации морального вреда.

Судя по Вашему вопросу, от работника не поступило заявление об удержании из заработной платы в счет возмещения недостачи.

....При прекращении трудового договора выплата всех сумм, причитающихся работнику от работодателя, производится в день увольнения работника (ст. 140 ТК РФ).

Не получил на руки расчет, значит перечисляете ему заработную плату и все выплаты на карточку, либо отправляете переводом, с указанием расшифровки суммы.