Возможно ли выписать сестру и ее несовершеннолетних детей из муниципальной квартиры по фактическому месту проживания?

Вашего согласия для регистрации несовершеннолетних и не требовалось. Вы можете обратиться в суд с двумя разными исками. Советую начать с взыскания долга за коммунальные услуги. Но это возможно только за последние 3 года в пределах срока исковой давности. К такому иску вам необходимо приложить оплаченные квитанции за 3 года, сумму разделить на 8 и с сестры требовать 3/8 от нее. С таким иском вы периодически вправе обращаться в суд.

В этом суде она заинтересована доказывать, что не пользуется этими коммунальными услугами. Именно это пригодится вам в другом судебном процессе, по признанию ее с детьми утратившими право проживание по ст. 83 Жилищного кодекса РФ. Но тут нужно доказать два обстоятельства: что семья с вашей квартиры выехала (добровольно) и что имеет другое ПОСТОЯННОЕ место жительства.

Если квартира муниципальная, можно попробовать выписать прописанного там человека в судебном порядке при наличии на то оснований (например, если он там не проживает и не вносит оплату за ЖКУ). Для этого надо составить исковое заявление, подать его в суд, приложив все необходимые документы, ходить на судебные заседания, отстаивать свою правоту. Но такие дела очень сложные и неоднозначные, поэтому лучше всего решать этот вопрос с помощью специалиста.