Но не совсем понятно как правильно поступить с руководителем организации.

Уважаемая Марина, из Вашего вопроса совершенно очевидно, что увольнение руководителя должно производится по основанию ликвидации организации, а именно п.1 ч.1 ст.81 ТК РФ. Иное решение данного вопроса, на мой взгляд, будет незаконым и не соответствующим фактическим основаниям увольнения. Ваши указания на отсутствие логики вещей в данном вопросе не совсем корректны. После принятия решения о ликвидации работники должны быть предупреждены о предстоящем увольнении и, как правило, уволены до начала работы ликвидационной комиссии, задачей которой является не производственная деятельность и организация трудового процесса, а завершение дел организации. Однако, для членов ликвидационной комиссии, отдельных работников, может быть сделано исключение из этого правила если они выполняют свои обязанности по прекращению юридического лица юр. лица. Крайний срок увольнения таких работников- дата внесения записи в Единый государственный реестр юридических лиц.

Действительно трудовой договор с руководителями организации может быть расторгнут помимо общих оснований также по следующим основаниям:

1) в связи с отстранением от должности руководителя организации-должника в соответствии с законодательством о несостоятельности (банкротстве);

2) в связи с принятием уполномоченным органом юридического лица либо собственником имущества организации, либо уполномоченным собственником лицом (органом) решения о досрочном прекращении трудового договора;

3) по иным основаниям, предусмотренным трудовым договором (ст. 278 ТК).

Такое решение может быть принято в любое время. Однако мотивы расторжения трудового договора руководитель организации вправе обжаловать на общих основаниях, потребовав их изменения, а в соответствующих случаях и возмещения морального вреда (ст. 237 ТК).

Статья 279 ТК предоставляет право досрочного расторжения трудового договора с руководителем организации: а) уполномоченному органу юридического лица; б) собственнику имущества организации; в) уполномоченному собственником лицу (органу).

Приоритет в принятии решения принадлежит собственнику имущества организации.

За досрочное расторжение трудового договора с руководителем (при отсутствии его вины) последнему выплачивается компенсация в размере, определенном трудовым договором.

Совершенно очевидно, что размер компенсации не может быть ниже размера выходного пособия, предусмотренного ст. 178 ТК.

Желаю удачи. С уважением.