Задержка с выдачей протокола судебного заседания и ошибки в решении - что делать?

Уже будет поздно. Обжалуйте по иным основаниям согласно ст.30.2. КоАП РФ. На основании ст. 1.5 КоАП РФ Ваша вина должна быть доказана.

Вам не замечание протоколу нужно составлять, а нужно обжаловать решение суда, в том числе указав на отсутствие протокола.

Статья 30.2. Порядок подачи жалобы на постановление по делу об административном правонарушении

6. Жалоба на постановление судьи о назначении административного наказания в виде административного приостановления деятельности подлежит направлению в вышестоящий суд в день получения жалобы.

По административному делу ведение протокола с/з не предусмотрено (исключение коллегиальное рассмотрение, например комиссией), поэтому и такого процессуального действия, как подача замечаний на него, не предусмотрено. Единственный вариант-ознакомиться с делом (подать письменное заявление по месту его рассмотрения), сделать соответствующие выписки из него, которые будут интересны, и отразить все в итоговом документе- жалобе на принятое решение. Срок подачи жалобы на постановление 10 дней. Не упустите момент! Дальнейший ход событий будет зависеть от того, кто будет рассматривать вашу жалобу (должностное лицо либо суд) и от правильно выстроенной позиции защиты.