Обязан ли собственник магазина на земельном участке платить налог на землю?

Должны. Вряд ли такую категорию собственников местная власть освободила от уплаты земельного налога. Федеральным льготником Вы не являетесь. Равно как и работа по УСН и ЕНВД не освобождает от уплаты налога на землю.

НК РФ.

"Статья 387. Общие положения

1. Земельный налог (далее в настоящей главе - налог) устанавливается настоящим Кодексом и нормативными правовыми актами представительных органов муниципальных образований, вводится в действие и прекращает действовать в соответствии с настоящим Кодексом и нормативными правовыми актами представительных органов муниципальных образований и обязателен к уплате на территориях этих муниципальных образований.

В городах федерального значения Москве и Санкт-Петербурге налог устанавливается настоящим Кодексом и законами указанных субъектов Российской Федерации, вводится в действие и прекращает действовать в соответствии с настоящим Кодексом и законами указанных субъектов Российской Федерации и обязателен к уплате на территориях указанных субъектов Российской Федерации.

2. Устанавливая налог, представительные органы муниципальных образований (законодательные (представительные) органы государственной власти городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга) определяют налоговые ставки в пределах, установленных настоящей главой, порядок и сроки уплаты налога.

При установлении налога нормативными правовыми актами представительных органов муниципальных образований (законами городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга) могут также устанавливаться налоговые льготы, основания и порядок их применения, включая установление размера не облагаемой налогом суммы для отдельных категорий налогоплательщиков".