Компания под угрозой штрафа в 100000 рублей от алкогольной компании за задолженность в 100000 рублей - налагается ли на нас пеня или только сумма долга?

А это не включает как упущенную выгоду

Вам следует прочитать свой договор, там обычно оговариваются пени и штрафы

Могут наложить и пени. Размер пени предусмотрен обычно договором (посмотрите какой там размер). В любом случае начисление пени предусмотрено законом ст. 395 ГК РФ:

"За пользование чужими денежными средствами вследствие их неправомерного удержания, уклонения от их возврата, иной просрочки в их уплате либо неосновательного получения или сбережения за счет другого лица подлежат уплате проценты на сумму этих средств. Размер процентов определяется существующими в месте жительства кредитора или, если кредитором является юридическое лицо, в месте его нахождения, опубликованными Банком России и имевшими место в соответствующие периоды средними ставками банковского процента по вкладам физических лиц. Эти правила применяются, если иной размер процентов не установлен законом или договором."

Рекомендую Вам о ходатайстве применения судом ст. 333 ГК РФ:

"1. Если подлежащая уплате неустойка явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства, суд вправе уменьшить неустойку. Если обязательство нарушено лицом, осуществляющим предпринимательскую деятельность, суд вправе уменьшить неустойку при условии заявления должника о таком уменьшении.

2. Уменьшение неустойки, определенной договором и подлежащей уплате лицом, осуществляющим предпринимательскую деятельность, допускается в исключительных случаях, если будет доказано, что взыскание неустойки в предусмотренном договором размере может привести к получению кредитором необоснованной выгоды."

На основании этой статьи Вам может быть снижена даже законная неустойка.

Исходя из практики суды часто ее применяют.