Как защититься при нарушении трудовых прав - вопрос по Трудовому законодательству

Вопрос по Трудовому законодательству. Я устроилась на работу администратором косметологического центра 11 февраля, трудовой договор подписан с 1 марта этого года. Договорились на руки получать 30 тысяч рублей, по договору я оформлена на пол-ставки - 6 тысяч с полным трудовым днем с 9 до 18, 5 дней в неделю. Бухгалтера наемные, и сидят в другом здании, так что трудовую книжку у меня никто не забирал. Фактически хозяином является мужчина, и он распоряжается всеми финансами. Но юридически фирма оформлена на его беременную жену. По причине неадекватности руководителя (мужчины) я положила на стол заявление об увольнении. Он согласился, и попросил отработать неделю, передать дела, я согласилась, отработав два дня я услышала от него, что я уйду без денег. Мой муж тоже выполнял подсобные работы (шкаф собрать, зеркала повесить, и т.п.) но без оформления документально. Я попросила у него рассчитаться с моим мужем, он посчитал его работу совсем по наглому, по минимуму. Я попросила отдать хотябы эти деньги, на что он сказал-вечером возьмете из кассы. Уходя домой, я забрала ровно две тысячи и провела это по программе, сделав скриншот экрана (что деньги проведены), т.к. у него тоже есть доступ к программе. Через час после моего ухода он мне написал что в кассе недостача 2000, я ему ответила что это то что вы были должны моему мужу и сказали мне взять из кассы. На что он мне ответил что завтра я буду уволена по статье за воровство. Вся переписка у меня сохранилась. Трудовая у меня на руках без печати и записи, деньги не выплачены, трудовой договор остался на работе (мой и их экз.), отчисления в ПФР и ФСС за меня производились. Они работают без лицензии, в бухгалтерии и кадровоом деле полный бардак. Вопрос: как он может мне навредить, ведь трудовая на руках. С каких инстанций мне можно начать? Трудовая инспекция а потом роспотребнадзор? Спасибо.