Влияет ли подписание нового договора купли-продажи на действительность предварительного договора с условиями аванса и штрафа?

Условие об авансе на стадии заключения основного договора уже не актуально. Вообще основной договор должен заключаться на условиях, определенных предварительным договором.

Статья 429. Предварительный договор

1. По предварительному договору стороны обязуются заключить в будущем договор о передаче имущества, выполнении работ или оказании услуг (основной договор) на условиях, предусмотренных предварительным договором.

2. Предварительный договор заключается в форме, установленной для основного договора, а если форма основного договора не установлена, то в письменной форме. Несоблюдение правил о форме предварительного договора влечет его ничтожность.

3. Предварительный договор должен содержать условия, позволяющие установить предмет, а также условия основного договора, относительно которых по заявлению одной из сторон должно быть достигнуто соглашение при заключении предварительного договора.

(в ред. Федерального закона от 08.03.2015 N 42-ФЗ)

4. В предварительном договоре указывается срок, в который стороны обязуются заключить основной договор.

Если такой срок в предварительном договоре не определен, основной договор подлежит заключению в течение года с момента заключения предварительного договора.

5. В случаях, если сторона, заключившая предварительный договор, уклоняется от заключения основного договора, применяются положения, предусмотренные пунктом 4 статьи 445 настоящего Кодекса. Требование о понуждении к заключению основного договора может быть заявлено в течение шести месяцев с момента неисполнения обязательства по заключению договора.

В случае возникновения разногласий сторон относительно условий основного договора такие условия определяются в соответствии с решением суда. Основной договор в этом случае считается заключенным с момента вступления в законную силу решения суда или с момента, указанного в решении суда.

(п. 5 в ред. Федерального закона от 08.03.2015 N 42-ФЗ)

6. Обязательства, предусмотренные предварительным договором, прекращаются, если до окончания срока, в который стороны должны заключить основной договор, он не будет заключен либо одна из сторон не направит другой стороне предложение заключить этот договор.