Правовые вопросы по получению российского гражданства и паспорта для жителя Крыма

У моего друга сын приехал из Чернигова в Крым 22 января 2014 года, это была территория Украины, согласно закону Украины, регистрация по месту проживания для граждан Украины не обязательна. Приехал он для лечения, на момент присоединения Крыма к России, он проживал со мной в Крыму. Согласно закона все жители Крыма, постоянно проживающие в Крыму автоматически получили российское гражданство и российские паспорта. Он с сыном обратился в суд в мае месяце 2014 г., по независящим от них обстоятельствам суд несколько раз переносился, в августе 2015 года, не смотря на собранные ими доказательства проживания его сына в Крыму на момент присоединения Крыма к России, судья отказала его сыну в получении российского гражданства и паспорта, сославшись на недостаточность показаний свидетелей, хотя его сыном было собрано большое количество доказывающего материала (это справки из поликлиники, чеки, ж/д билеты и мн. др, на суде выступало 4 свидетеля). Они подали апелляцию в Верховный суд Крыма, там им тоже отказали. Разъясните пожалуйста, что им теперь делать? Как его сыну получить российское гражданство? Его сын с 22 января 2014 года живет с ним в Крыму, стоял на учете в ФМС, сейчас за просроченное пребывание на территории России ему грозит административное наказание, штраф, и он будет вынужден уехать. В связи с этим у меня возник еще один вопрос, имеет ли право ФМС применять административное наказание к его сыну и выдворение, если он фактически российскую границу не пересекал, так как приехал в Крым 22 января 2014 года, это была еще Украина, то есть по факту он в Россию не въезжал и из России не выезжал, т.к все это время проживал со ним на территории Крыма уже российского? Как им поступить? Куда следует обратиться? Подскажите на какие законы опираться, чтобы его сын получил гражданство России и паспорт?