Проблемы с выплатами и трудовой книжкой - что делать в случае нарушения трудового договора

Работала в организации с апреля 2016 по июнь 2017 г. Работала по договору подряда, в апреле 2017 предложили устроиться официально, но в июне узнала, что в трудовой книжке запись о приеме и в этот же день запись недействительна. Предупредила, что увольняюсь за 2 недели. Аванс выплатили 1 000 рублей. Расчет получила только через 18 дней в размере 3 000. В договоре сумма 10 000 рублей. В ведомости почему-то сумма в размере 4079 рублей вместо 10 000. Расходный кассовый ордер заполнить не дали. Подскажите, как быть?