Действительно ли они могут привлечь меня к уголовной и материальной ответственности?

Кто грозится по поводу уголовного дела? "Завести" (а точнее возбудить) уголовное дело может только следователь и то при наличии серьезных доказательств именно в отношении Вас. Угрозы работодателя в данном случае - как правило, пустой звук, ориентированный на подавление воли работника и принуждение его к добровольному возмещению "ущерба". Пока что, по изложенному Вами, ничего не доказано. Кроме того, возникает масса встречных вопросов. Кто Вы были по должности? Заключался ли с Вами трудовой договор? Подписывали ли Вы свою должностную инструкцию и правила внутреннего трудового распорядка? Заключался ли с Вами договор о полной материальной ответственности? Какими приказами регулировался вопрос охраны материальных ценностей в магазине? Кто назначался ответственным за сохранность материальных ценностей? Подписывали ли Вы акт инвентаризации, подавали ли возражения по итогам инвентаризации, если да, то когда и каким образом? Видите, как много вопросов возникает. И это еще далеко не полный перечень. Для получения максимально подробной консультации, прогноза развития ситуации и алгоритма Ваших действий необходима личная консультация, в интернете такие вопросы не решаются.

А по поводу материальной ответственности - работодатель вправе обратиться в суд к работнику с иском о возмещении ущерба, причиненного работодателю, в течение 1 года со дня обнаружения причиненного ущерба. При этом работодатель должен будет доказать суду не только факт и размер причиненного ущерба, но и причинно-следственную связь между Вашими действиями/бездействием и причиненным ущербом, а также Вашу вину в причинении ущерба.