Меня интересует, что должно содержать в себе письмо, как должно быть оформлено.

Вы не указали каким договором оформлены правоотношения между организациями. В любом случае это договор и должны быть соблюдены правила расторжения договоров.

Если это договор купли-продажи, то ст 466 ГК РФ содержит следующие основания расторжения договора:

" Если продавец передал в нарушение договора купли - продажи покупателю меньшее количество товара, чем определено договором, покупатель вправе, если иное не предусмотрено договором, либо потребовать передать недостающее количество товара, либо отказаться от переданного товара и от его оплаты, а если товар оплачен, потребовать возврата уплаченной денежной суммы".

Подобные основания есть и у покупателя по договору поставки:

Ст. 520 ГК РФ - "Покупатель (получатель) вправе отказаться от оплаты товаров ненадлежащего качества и некомплектных товаров, а если такие товары оплачены, потребовать возврата уплаченных сумм впредь до устранения недостатков и доукомплектования товаров либо их замены".

Поскольку это договор, то любые изменения, в том числе расторжение должны быть оформлены соглашением о расторжении, подписанном уполномоченными лицами двух сторон и скреплены печатью. Впрочем можно оформить и письмом покупателя, если Ваша организация ответит на него положительно, тогда тоже будет соблюдена письменная форма соглашения. В текст соглашения (письма) включите указанные выше основания и положение об обязанности по возврату в определенный срок денежных средств, перечисленных за товар.

С уважением,