В связи с этим, имеет ли мне смысл опротестовывать данные действия заказчика в суде, или просто отказываться от квартиры?

В соответствии с п. 1, 2 Федерального закона от 30.12.2004 N 214-ФЗ "Об участии в долевом строительстве многоквартирных домов и иных объектов недвижимости и о внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации" в договоре указывается цена договора, то есть размер денежных средств, подлежащих уплате участником долевого строительства для строительства (создания) объекта долевого строительства.

Цена договора может быть определена в договоре как сумма денежных средств на возмещение затрат на строительство (создание) объекта долевого строительства и денежных средств на оплату услуг застройщика.

По соглашению сторон цена договора может быть изменена после его заключения, если договором предусмотрены возможности изменения цены, случаи и условия ее изменения.

У Вас есть возможность попытаться указать застройщику на ч.1 п. 2 ст. 450 Гражданского кодекса РФ - по требованию одной из сторон договор может быть изменен или расторгнут по решению суда при существенном нарушении договора другой стороной. Существенным признается нарушение договора одной из сторон, которое влечет для другой стороны такой ущерб, что она в значительной степени лишается того, на что была вправе рассчитывать при заключении договора.

Отказаться от исполнения договора (отказаться от квартиры) в одностороннем порядке, если это не предусмотрено договором, Вы не можете.