Можно ли выехать из России по молдавскому загранпаспорту, имея внутренний паспорт РФ?

Можете конечно. У Вас судя по всему два гражданство. А иностранный паспорт тоже удостоверяет личность. Поэтому никаких проблем не должно быть.

Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ (ред. от 19.07.2018) "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации"

Статья 10. Документы, удостоверяющие личность иностранного гражданина в Российской Федерации

1. Документами, удостоверяющими личность иностранного гражданина в Российской Федерации, являются паспорт иностранного гражданина либо иной документ, установленный федеральным законом или признаваемый в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность иностранного гражданина.

2. Документами, удостоверяющими личность лица без гражданства в Российской Федерации, являются:

1) документ, выданный иностранным государством и признаваемый в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность лица без гражданства;

2) разрешение на временное проживание;

3) вид на жительство;

4) иные документы, предусмотренные федеральным законом или признаваемые в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документов, удостоверяющих личность лица без гражданства.

Увы нет не имеете вы на это право

«требование Федеральный закон от 15.08.1996 N 114-ФЗ (ред. от 01.07.2017) «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»

для граждан России въезжать и выезжать по паспорту гражданина РФ.»

Для России вы гражданин ТОЛТКО России и ваше второе гражданство не имеет тут значение, проезжать надо по российскому паспорту заграничному.

Действует

Федеральный закон от 15.08.1996 N 114-ФЗ (ред. от 01.07.2017) «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»Статья 6

Статья 6. Выезд из Российской Федерации и въезд в Российскую Федерацию граждане Российской Федерации осуществляют по действительным документам, удостоверяющим личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации. Порядок оформления, выдачи и изъятия этих документов определяется настоящим Федеральным законом.

Иностранные граждане или лица без гражданства обязаны при въезде в Российскую Федерацию и выезде из Российской Федерации предъявить действительные документы, удостоверяющие их личность и признаваемые Российской Федерацией в этом качестве, и визу, если иное не предусмотрено международными договорами Российской Федерации, настоящим Федеральным законом или указами Президента Российской Федерации.