Можно ли выехать из России по молдавскому загранпаспорту, имея внутренний паспорт РФ?

Можете конечно. У Вас судя по всему два гражданство. А иностранный паспорт тоже удостоверяет личность. Поэтому никаких проблем не должно быть.

Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ (ред. от 19.07.2018) "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации"

Статья 10. Документы, удостоверяющие личность иностранного гражданина в Российской Федерации

1. Документами, удостоверяющими личность иностранного гражданина в Российской Федерации, являются паспорт иностранного гражданина либо иной документ, установленный федеральным законом или признаваемый в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность иностранного гражданина.

2. Документами, удостоверяющими личность лица без гражданства в Российской Федерации, являются:

1) документ, выданный иностранным государством и признаваемый в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность лица без гражданства;

2) разрешение на временное проживание;

3) вид на жительство;

4) иные документы, предусмотренные федеральным законом или признаваемые в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документов, удостоверяющих личность лица без гражданства.

Можете. Согласно статье 24 Федерального закона от 15 августа 1996 г. N 114-ФЗ "О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию" иностранные граждане могут въезжать в Российскую Федерацию и выезжать из Российской Федерации при наличии визы по действительным документам, удостоверяющим их личность и признаваемым Российской Федерацией в этом качестве, если иное не предусмотрено международными договорами Российской Федерации, настоящим Федеральным законом или указами Президента Российской Федерации.

А именно согласно статье 10 Федерального закона от 25 июля 2002 г. N 115-ФЗ "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации" к таким документам относится молдавский загранпаспорт:

Статья 10. Документы, удостоверяющие личность иностранного гражданина в Российской Федерации

1. Документами, удостоверяющими личность иностранного гражданина в Российской Федерации, являются паспорт иностранного гражданина либо иной документ, установленный федеральным законом или признаваемый в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность иностранного гражданина.

2. Документами, удостоверяющими личность лица без гражданства в Российской Федерации, являются:

1) документ, выданный иностранным государством и признаваемый в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность лица без гражданства;

2) разрешение на временное проживание;

3) вид на жительство;

4) иные документы, предусмотренные федеральным законом или признаваемые в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документов, удостоверяющих личность лица без гражданства.

Удачи Вам в разрешении Вашего вопроса!