Как поступить, если агент ошибся и не сообщил о необходимости подачи декларации при продаже квартиры?

Роман, Ваши случайные сведения о необходимости подачи декларации абсолютно верны - декларацию подать Вам следовало, и права коллега, указавшая в своем ответе о полагающемся Вам штрафе размером в 1000 рублей, в соответствии со статьей 119 НК РФ. В этой статье указано, что непредставление налогоплательщиком в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации в налоговый орган по месту учета влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов неуплаченной суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основании этой декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 1 000 рублей.

Поскольку квартира находилась в Вашей собственности более 3-х лет, то платить налог на доходы Вам не придется. Это объясняется тем, что в Вашем случае Вы вправе применить имущественный налоговый вычет и уменьшить свои доходы на сумму денежных средств, которую Вы получили при продаже квартиры (п. 1 ст. 220 НК РФ). Имущественный налоговый вычет при продаже квартиры предоставляется по окончании года, в котором получены доходы от продажи квартиры, на основании заявления физического лица, представляемого в налоговый орган вместе с заполненной налоговой декларацией по доходам физических лиц по форме 3-НДФЛ (Декларацией по форме 3НДФЛ).

А поскольку налог платить не нужно, то за неподачу декларации подлежит уплате штраф в минимальном размере - 1000 руб.

Роман, поскольку прошло уже 2 года и штраф на Вас еще не наложен, то смею предположить, что Вы остались без наказания. Автоматизированной системы наложения штрафов еще нет, и на деле очень часто налоговый орган оставляет такие промахи налогоплательщиков без внимания. Если же Вы пойдете добровольно сдаваться, то получите штраф. Если же оставите все как есть и никуда не пойдете, и если Ваш случай вскроется, в чем я лично, исходя из опыта, сильно сомневаюсь, то ничего кроме штрафа в 1000 рублей Вам не грозит. Получив же от налогового органа требование об уплате перед уплатой посмотрите - не истек ли 3-х летний срок давности для привлечения к ответственности