Купил квартиру на субсидию и хочу уволиться с госслужбы - будут ли проблемы?

Не возникнут. И возвращать ничего не нужно будет. По условиям жилищной субсидии. Так что ничего страшного.

Федеральный закон "О государственной гражданской службе Российской Федерации" от 27.07.2004 N 79-ФЗ (последняя редакция)

Нужно прежде всего изучить соглашение с работодателем по поводу возврата данной субсидии. Возможно что вы обязались работать какой-то срок. Данная субсидия закреплена в соответствии с Федеральным законом «О государственной гражданской службе Российской Федерации» от 27.07.2004 N 79-ФЗ и постановлением «О предоставлении федеральным государственным гражданским служащим единовременной субсидии на приобретение жилого помещения».

Вам была выделена субсидия на покупку квартиры. Т.е. жилье уже в собственности ст.209 ГК РФ (не служебное, не коммерческий найм, не социальное).

Имеете право владения, пользования и распоряжения. Ваше увольнение на ваше жилье не повлияет.

Здравствуйте! Поскольку субсидия уже получена, право вы своё реализовали, квартира в собственности. Всё. В момент передачи вам субсидии вас сняли с учета, больше никаких обязательств не предусмотрено, согласно постановлению Правительства РФ от 27 января 2009 г. N 63

"О предоставлении федеральным государственным гражданским служащим единовременной субсидии на приобретение жилого помещения"