Проблемы с записью в росреестр после реконструкции дома из-за нарушения границ – что делать?

Произвели реконструкцию жилого дома. Дом 1870 года постройки, состоял из трех частей: изба, горница и скотный двор, все бревенчатое. Реконструкции подверглись стены горницы (стали из газосиликата) и двора (стал гаражом, стены газосиликат) и произвели замену крыши. Стал одноэтажный дом с мансардой с пристроенным к нему гаражем, как следствие изменился метраж дома. Дом в собственности, земля тоже. Хозяин один. Границы дома не менялись с 1870 года, вот по двум из них нарушена пограничная зона, не выдержано 3 метра. Одна граница с соседями (соседи претензий не имеют) от гаража до границы участка 1,5 метра; вторая, которая вообще не реконструировалась находится на границе в улицу, т.е. там вообще почти нет отступа от стены дома. В прошлом году на стадии реконструкции я подавала в архитектуру документы на разрешение на реконструкцию дома – архитектура дала разрешение (у меня уже был промежуточный тех. план). В этом году когда подала документы для записи в росреестр – архитектура мне дает отказ из-за не соблюдения границ. Какие мои дальнейшие действия?