Возможно ли указать первоначальный взнос от продажи унаследованной квартиры в договоре ипотеки?

Доли можно определить, составив брачный договор на приобретаемую квартиру.

Прям в брачном договоре прописать:

Имущество (движимое и недвижимое), нажитое супругами во время брака, как до заключения настоящего договора, так и после его заключения, в чем оно ни заключалось и где бы ни находилось, является совместной собственностью супругов, за исключением имущества, лично принадлежащего по закону одному из супругов, а также случаев, предусмотренных в настоящем договоре.

Исключение из правил пункта 1 настоящего договора составляет КВАРТИРА, находящаяся по адресу: Россия, город, улица, дом, квартира, которую предполагается приобрести в долевую собственность супругов (по 1/2 доле каждому) в период брака на средства ипотечного кредита, предоставляемого ТАКИМ-То БАНКОМ, по соглашению супругов, как в период брака, так и в случае его расторжения признаётся собственностью того супруга, на чье имя оно куплено и/или зарегистрировано, а обязанность по возврату вышеуказанного кредита - его личной обязанностью.

Любой нотариус составляет такие брачные договоры, на основании такого договора банк может оформить ее в долевую собственность, доли можете определить самостоятельно.

А вообще, в договоре купли-продажи можно прописать что угодно

есть существенные условия, которые должны обязательно присутствовать в договоре, а какие-либо дополнительные пункты добавляются в договор по соглашению сторон.