Как поступить в случае наблюдения искомой организации и задолженности перед ней?

Тогда не являйтесь в судебное заседание, иск оставят без рассмотрения и вернете госпошлину.

НК РФ Статья 333.40. Основания и порядок возврата или зачета государственной пошлины

1. Уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае:

1) уплаты государственной пошлины в большем размере, чем это предусмотрено настоящей главой;

2) возвращения заявления, жалобы или иного обращения или отказа в их принятии судами либо отказа в совершении нотариальных действий уполномоченными на то органами и (или) должностными лицами. Если государственная пошлина не возвращена, ее сумма засчитывается в счет уплаты государственной пошлины при повторном предъявлении иска, административного иска, если не истек трехгодичный срок со дня вынесения предыдущего решения и к повторному иску, административному иску приложен первоначальный документ об уплате государственной пошлины;

(пп. 2 в ред. Федерального закона от 08.03.2015 N 23-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

3) прекращения производства по делу (административному делу) или оставления заявления (административного искового заявления) без рассмотрения Верховным Судом Российской Федерации, судами общей юрисдикции или арбитражными судами.

С Уважением, адвокат в г. Москва – Степанов Вадим Игоревич.