Вопрос о проживании в квартире в рабочей командировке - чье право - мое или главного бухгалтера?

Вполне может быть, смотрите положение своего работодателя.

Статья 168 ТК РФ.

Возмещение расходов, связанных со служебной командировкой

В случае направления в служебную командировку работодатель обязан возмещать работнику:

расходы по проезду;

расходы по найму жилого помещения;

дополнительные расходы, связанные с проживанием вне места постоянного жительства (суточные);

иные расходы, произведенные работником с разрешения или ведома работодателя.

Порядок и размеры возмещения расходов, связанных со служебными командировками, работникам, заключившим трудовой договор о работе в федеральных государственных органах, работникам государственных внебюджетных фондов Российской Федерации, федеральных государственных учреждений определяются нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации.

Порядок и размеры возмещения расходов, связанных со служебными командировками, работникам, заключившим трудовой договор о работе в государственных органах субъектов Российской Федерации, работникам территориальных фондов обязательного медицинского страхования или государственных учреждений субъектов Российской Федерации, лицам, работающим в органах местного самоуправления, работникам муниципальных учреждений определяются соответственно нормативными правовыми актами органов государственной власти субъектов Российской Федерации, нормативными правовыми актами органов местного самоуправления.

Порядок и размеры возмещения расходов, связанных со служебными командировками, работникам других работодателей определяются коллективным договором или локальным нормативным актом, если иное не установлено настоящим Кодексом, другими федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации.