Оформление загранпаспорта и свидетельства с прочерком на отце для матери-одиночки и ее сына - нужна ли справка из ЗАГСа форма №25?

Для пересечения границы России не требуется справка. Федеральный закон от 15.08.1996 N 114-ФЗ (ред. от 17.06.2019) "О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию" (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.07.2019)

Статья 20. Несовершеннолетний гражданин Российской Федерации, как правило, выезжает из Российской Федерации совместно хотя бы с одним из родителей, усыновителей, опекунов или попечителей.

Есть ряд стран требующих согласие второго родителя. Как правило с визовым режимом. Наличие необходимых документов для принимающей страны лучше конечно уточнить. Подобная информация имеется на официальных сайтах консульских учреждений. Маловероятно что при наличии официально отсутствующего отца, согласно Свидетельства о рождении Вам понадобится что-то ещё.

По Российскому законам достаточно Вас с документами и свидетельством о рождении (в том числе с прочерком - указания отца ребенка). А Постановление Правительства РФ от 31.10.1998 N 1274 (ред. от 12.10.2018) "Об утверждении форм бланков заявлений о государственной регистрации актов гражданского состояния, справок и иных документов, подтверждающих государственную регистрацию актов гражданского состояния" дающее указанную вами форму справки утратило силу. И с октября 2018 года их не выдают.