Вопросы об удержании зарплаты и возможности обращения в ГИТ в случае спора с работодателем

Ситуация следующая, в мае я предоставила работодателю справку-вызов из учебного заведения (первое высшее, аккредитацию имеет ВУЗ). Сессия в июне. Мне позвонил работодатель и сказал, что наша компания не предоставляет такие отпуска. Я всё равно написала заявление и предоставила справку-вызов. Они долго искали, копались в законах, чтобы мне отказать. Но у них этого не вышло. Позвонили сказали, либо ты идешь в основной отпуск, либо учебный, но мы потом в течении какого-то времени удержим с тебя эти деньги (выплаченные за учебный отпуск). Я всё равно стою на своём и иду в учебный отпуск. Приезжаю и каждый месяц с моей ЗП удерживают по 10-15 тысяч, пока не забрали все деньги. Вопрос такой: могу ли я обратиться в ГИТ, если в трудовой договор работодателем составлен "Грамотно". Есть окладная часть и премиальная. Причем примиальная, скажем просто, "захочу платить, захочу не буду", в общем по решению работодателя. Помечу, что удерживали деньги с премиальной части. Но есть запись телефонного разговора, где мне чётко говорят о том, что заберут выплаченные деньги. И есть еще зарплатные файлы (при подаче зарплаты мой непосредственный руководитель отправляет ее в центральный офис, оттуда приходит этот файл с удержаниями) и в них есть пометка (сумма + основания для удержания, в моем случае написано "за учебный отпуск"). Получаем мы зарплату согласно показателям, есть приказ с мотивацией. В этом приказе написаны показатели и суммы премии. Но, повторюсь, в договоре всё грамотно. Сколько времени у меня есть, чтобы обратиться в ГИТ? Если всё произошло май-сентябрь 2019. И есть ли у меня шансы вернуть удержанные деньги? Стоит ли "портить" отношения с работодателем, доказуема ли моя правота в моём случае? Заранее благодарю Вас за внимание, Огромное спасибо за ответы.