Может ли сотрудник получить возврат налога при получении квартиры в качестве не материальной помощи и должен ли налог быть списан с зарплаты?

Нет, т.к. согласно пп.3 п.1 ст. 220 Налогового Кодекса РФ (НК РФ) предоставляется "имущественный налоговый вычет в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них". В данном случае налогоплательщик (работник) не понес расходов на приобретение квартиры и имущественный вычет ему не положен. Другая ситуация была, если бы организация подарила работнику денежные средства, а он сам на них приобрел бы квартиру.

Что касается налога, то работодатель обязан удерживать его до конца года после дарения " за счет любых доходов, выплачиваемых налоговым агентом налогоплательщику в денежной форме. При этом удерживаемая сумма налога не может превышать 50 процентов суммы выплачиваемого дохода в денежной форме." (п.4 ст.226 НК РФ)

В случае невозможности удержать налог с подарка (заработная плата работника гораздо меньше суммы подарка) работодатель обязан до 1 марта года, следующего за годом дарения (получения дохода) сообщить по установленной форме как самому работнику, так и налоговому органу о невозможности удержать налог, сумме неудержанного налога и о сумме дохода, с которого не удержан налог (п.5 ст.226 НК РФ), при этом обязанность удерживать налог в этом году (т.е. следующем за годом дарения и в последующие годы) у работодателя исчезает.

Обязанность заплатить остаток налога ложится на самого работника, который должен будет заплатить этот налог из своих средств (хоть заработная плата, хоть сбережения, хоть за счет заемных средств).