Как уменьшить налогообложение при работе в качестве посредника в грузоперевозках?

Можете сослаться на статья 251 часть 1 п.9 НК РФ и и платить налог только со своего реального дохода. С учетом того, что имеется агентский договор и то,что Вы на УСН под 6% налога на доход.

При определении налоговой базы не учитываются денежные средства, поступившие комиссионеру, агенту и (или) иному поверенному в связи с исполнением обязательств по агентскому договору

НК РФ ч.2

Статья 251. Доходы, не учитываемые при определении налоговой базы

1. При определении налоговой базы не учитываются следующие доходы:

1. При определении налоговой базы не учитываются следующие доходы:

9) в виде имущества (включая денежные средства), поступившего комиссионеру, агенту и (или) иному поверенному в связи с исполнением обязательств по договору комиссии, агентскому договору или другому аналогичному договору, а также в счет возмещения затрат, произведенных комиссионером, агентом и (или) иным поверенным за комитента, принципала и (или) иного доверителя, если такие затраты не подлежат включению в состав расходов комиссионера, агента и (или) иного поверенного в соответствии с условиями заключенных договоров. К указанным доходам не относится комиссионное, агентское или иное аналогичное вознаграждение