Как правильно подать исковое заявление в сложившейся ситуации с недоплатой за выполненные работы?

Мы выполнили работу по договору на сумму 2,5 млн. руб. Часть суммы в размере 1,5 млн. руб. нам оплатили. Подали в арбитражный суд исковое заявление, о взыскании 1 млн. руб. разницы. К исковому заявлению не приложили копию претензии. Суд оставил данное исковое заявление без движения, указав на то что нужно приложить копию претензии. А мы её не отправляли только 1 ноября. Отправили должнику претензию. Пока 30 дней не истекло. Но суд нам дал срок предоставить претензию до 17 ноября, мы отправили претензию только 1 ноября. Я так понимаю нам вернут исковое заявление. Должник не согласен с суммой т.к. они провели экспертизу работ и экспертиза показала что работы были выполнены на 1 млн. Хотя все документы (договор, кс-2, кс-3 на сумму 2,5 млн.) стороны подписали без замечания. Сейчас они вышли в арбитражный суд о снижении цены выполненных работ с просьбой взыскать переплату в размере 500 тыс. руб. Арбитражный суд принял данное заявление в порядке упрощённого производства. Мы не согласны с данным исковым заявлением и с экспертизой т.к. нами были выполнены работы на 2,5 млн. руб. Можем ли мы подать исковое заявление на них, примет ли суд наше заявление если заявление должника суд уже принял в упрощенке. Или нужно сначала написать возражения на из исковое заявление, и сразу подать встречный иск на нашу сумму 1 млн. руб. Как быть в данной ситуации? Спасибо.