Можно ли заключить дополнительное соглашение к трудовому договору после утверждения нового штатного расписания?

Здравствуйте, да, конечно вы можете уведомлять работников по их электронной почте.

Но такая почта должна быть зафиксирована в трудовом договоре и что такое уведомление стороны признают надлежащим.

В Вашей ситуации регламент статьи 134 ТК РФ Обеспечение повышения уровня реального содержания заработной платы включает индексацию заработной платы в связи с ростом потребительских цен на товары и услуги. Государственные органы, органы местного самоуправления, государственные и муниципальные учреждения производят индексацию заработной платы в порядке, установленном трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, другие работодатели - в порядке, установленном коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами.

-------------------------

Поэтому, на основании факта индексации, руководитель должен закрепить в приказе по предприятию, на основании приказа Вы вносите изменение в штатное расписание и в трудовые договора, работники должны быть все ознакомлены с приказом об индексации. В части уведомлений Вы правы, если индексация происходит по соглашению сторон, а не является односторонней инициативой работодателя, уведомлять работников не обязательно.