Вопрос оформления протокола - может ли это повлиять на решение по административному иску ИФНС по налогам и пени?

По данным основаниям не отмените. Лучше по срокам давности, ФНС их в 90% случаев нарушает.

В соответствии с ч. 4 ст. 228 НК РФ общая сумма налога, подлежащая уплате в соответствующий бюджет, исчисленная исходя из налоговой декларации с учетом положений настоящей статьи, уплачивается по месту жительства (месту учета по иному основанию, установленному настоящим Кодексом, - при отсутствии места жительства) налогоплательщика в срок не позднее 15 июля года, следующего за истекшим налоговым периодом.

На основании ч. 1 ст. 70 НК РФ требование об уплате налога должно быть направлено налогоплательщику (ответственному участнику консолидированной группы налогоплательщиков) не позднее трех месяцев со дня выявления недоимки, если иное не предусмотрено в соответствии с настоящим Кодексом.

Административный истец должен был узнать о возникновении недоимки по налогам и сборам на следующий день после истечения срока оплаты налога, то есть 16 июля 2019 года.

В соответствии с ч. 2 ст. 48 НК РФ заявление о взыскании подается в суд общей юрисдикции налоговым органом (таможенным органом) в течение шести месяцев со дня истечения срока исполнения требования об уплате налога, сбора, страховых взносов, пеней, штрафов, если иное не предусмотрено настоящим пунктом.