Можно ли вернуть деньги за судебную экспертизу, которую признали недостоверной?

Вряд ли это возможно. Если заключение не являлось заведомо ложным.

Здравствуйте, судебные расходы, в том числе на экспертизу, взыскиваются с проигравшей стороны в пользу стороны, требования которой удовлетворены. Если требования удовлетворены частично, то расходы распределяются пропорционально удовлетворенным требованиям. Первую экспертизу назначал суд и возложил на вас обязанность по ее оплате, это не ваша вина, что вышестоящий суд не принял ее доводы, а ошибка судьи. Так что вы имеете право на возмещение понесенных судебных расходов. Обращайтесь с заявлением в суд первой инстанции в течение 3-х месяцев после вступления решения в законную силу. Данное заявление не облагается госпошлиной.

Статья 98 ГПК РФ. Распределение судебных расходов между сторонами (действующая редакция)

1. Стороне, в пользу которой состоялось решение суда, суд присуждает возместить с другой стороны все понесенные по делу судебные расходы, за исключением случаев, предусмотренных частью второй статьи 96 настоящего Кодекса. В случае, если иск удовлетворен частично, указанные в настоящей статье судебные расходы присуждаются истцу пропорционально размеру удовлетворенных судом исковых требований, а ответчику пропорционально той части исковых требований, в которой истцу отказано.

2. Правила, изложенные в части первой настоящей статьи, относятся также к распределению судебных расходов, понесенных сторонами в связи с ведением дела в апелляционной, кассационной и надзорной инстанциях.

3. В случае, если суд вышестоящей инстанции, не передавая дело на новое рассмотрение, изменит состоявшееся решение суда нижестоящей инстанции или примет новое решение, он соответственно изменяет распределение судебных расходов.

ГПК не предусматривает возврата денежных средств за экспертизы, которые не устаивают стороны. Судебные расходы рассматриваются в совокупности и рапределяются в соответствии со ст. 98 ГПК РФ (см. выше)

Оплата всех экспертиз будет возложена на ту сторону, которая проиграет.