Каковы последствия прописки на служебной площади при наличии собственной квартиры?

Служебное жилье оно на то и служебное, что предоставляется в период работы у этого работодателя (ст.93 Жилищного кодекса РФ). Если не было условия, что такое жилье предоставляется только в случае отсутствия своего жилья, то Вы ничего не нарушили. Это ведь не социальный найм, где наличие жилья в собственности было бы препятствием. Так что закона Вы не нарушили.