Может ли офицер военной полиции в гражданской форме одежды остановить меня за нарушение формы одежды.

Нет не может и не имеет права.

Согласно пп. 17 п. 45 Указа Президента РФ от 25.03.2015 N 161 "Об утверждении Устава военной полиции Вооруженных Сил Российской Федерации и внесении изменений в некоторые акты Президента Российской Федерации" Военный комендант гарнизона или лицо, его замещающее, осуществляют руководство патрульной службой и несут ответственность за ее состояние. Военный комендант гарнизона или лицо, его замещающее, обязаны организовывать инструктаж наряда военной комендатуры, контролировать несение им службы, соблюдение правил ношения военной формы одежды и снаряжения

То есть, он уже не может находится в патруле и нести какую-либо службу. Это превышение полномочий. Если ему такое разрешение дал командир, то и превышение полномочий его командира в том числе.

Согласно п. 276 Указа Президента РФ от 25.03.2015 N 161 Военнослужащему военной полиции в подтверждение его полномочий выдаются служебное удостоверение, персонифицированный нагрудный знак и нарукавная повязка, образцы которых утверждаются Министром обороны Российской Федерации.

Полномочия военнослужащего военной полиции при отсутствии форменной одежды, служебного удостоверения, персонифицированного нагрудного знака и нарукавная повязка не подтверждаются.

Вывод: такого товарищества самого можно вести в военной полицию и заявлять о совершенном им правонарушении.