Потеря ходатайств и неполное рассмотрение материалов - реально ли отменить решение первой инстанции?

Вы ходатайство писали сотрудникам полиции?! а в суде заявляли?

В соответствии с пунктом 18 постановления Пленума Верховного Суда РФ от 24.03.2005 N 5

нарушением, влекущим невозможность использования доказательств, может быть признано, в частности, получение объяснений потерпевшего, свидетеля, лица, в отношении которого ведется производство по делу об административном правонарушении, которым не были предварительно разъяснены их права и обязанности, предусмотренные частью 1 статьи 25.1, частью 2 статьи 25.2, частью 3 статьи 25.6 КоАП РФ, статьей 51 Конституции Российской Федерации.

Поэтому, если Ваши объяснения также являлись доказательствами по делу — Вы вправе поставить вопрос при разбирательстве по делу об административном правонарушении о невозможности использования данных доказательств. На основании ст. 26 2 КоАП РФ

Не допускается использование доказательств по делу об административном правонарушении, в том числе результатов проверки, проведенной в ходе осуществления государственного контроля (надзора) и муниципального контроля, если указанные доказательства получены с нарушением закона.

В замечании протокола указал "прилагается два ходатайство на отдельных листах".

Этих дополнительных листов в материалах нету.