Возможно ли выделить долю в натуре при наличии условий, противоречащих закону Краснодарского края?

Вы путаете понятия. Выдел доли внатуре (это понятие применяется только для земли, т.к. дом по идее должен уже быть разделён в БТИ) - это когда вы остаётесь сособственником земельного участка со своей долей (не важно какой) и выделяете эту долю "в натуре", поставив забор, отдельный вход и т д...

Выделение отдельного участка из доли общего участка - это совсем другое понятие, когда вы являетесь собственником 3 соток в общей доле, при этом хотите выделить свою землю в ОТДЕЛЬНЫЙ АДРЕС, со своим адресом, почтовым индексом и т д...(Чаще всего так делают, когда сам ДОМ на участке не представляет интереса и его ликвидируют через БТИ как непригодный для жилья). Так для выделения доли в отдельный адрес существуют минимальные ограничения в каждом регионе, что бы не появлялись маленькие, неликвидные участки. По закону Краснодарского края вы НЕ МОЖЕТЕ провести данную процедуру. (у вас минимум - 6 соток).

На выдел доли ВНАТУРЕ никаких ограничений нет - вы можете выделить хоть 1 квадратный метр своей земли (при условии что всех сособственников это устроит). Но ВЫДЕЛ ДОЛИ ВНАТУРЕ не регистрируется в едином гос. реестре, и по большому счёту является своего рода официальной договорённостью между сособственниками о порядке пользованием общим имуществом. Вы можете выделить долю внатуре и по "пацански" без нотариуса, в письменном виде с подписями всех сособственников.