Будет ли сохранена льгота по налогу при продаже блокированной секции в двухквартирном доме?

Сохранится, это реконструкция помещения, само помещение не меняется и изменения в Росреестр не вносятся

письме МинФина от 17.12.2018 № 03-04-05/91675:

Срок владения реконструированным жилым домом на праве собственности начинает исчисляться заново только в случае, когда в результате реконструкции произошел раздел дома, выдел из него или объединение объектов недвижимости. То есть когда реконструкция привела к созданию нового (новых) объекта (объектов) недвижимости. Если же в результате реконструкции изменились лишь характеристики дома, указанные в ст. 8 Закона № 218-ФЗ, право собственности на дом не прекращается. И, соответственно, в этом случае срок владения реконструированным жилым домом отсчитывается с даты возникновения права собственности на дом до реконструкции.

Отметим, что согласно п. 2 ст. 8 Закона № 218-ФЗ к основным относятся характеристики объекта недвижимости, позволяющие установить такой объект в качестве индивидуально-определенной вещи, а также характеристики, которые определяются и изменяются в результате строительства и реконструкции зданий, перепланировки помещений. В частности, таковыми являются площадь здания, количество этажей, материал наружных стен (подп. 9, 14 и 17 п. 4 ст. 8 Закона № 218-ФЗ).