Сервисный центр требует отказа от гарантийного ремонта из-за отсутствия запчастей - что делать?

Нет не правомерно, Вам сейчас необходимо предъявить письменную претензию на основе норм ГК на возврат стоимости товар + неустойка, что за товар сдали?

Нет, не правомерно. Согласно закону о защите прав потребителей:

Статья 20.

В случае, если во время устранения недостатков товара станет очевидным, что они не будут устранены в определенный соглашением сторон срок, стороны могут заключить соглашение о новом сроке устранения недостатков, товара. При этом отсутствие необходимых для устранения недостатков товара запасных частей (деталей, материалов), оборудования или подобные причины не являются основанием для заключения соглашения о таком новом сроке и не освобождают от ответственности за нарушение срока, определенного соглашением сторон первоначально.

В отношении товаров длительного пользования изготовитель, продавец либо уполномоченная организация или уполномоченный индивидуальный предприниматель обязаны при предъявлении потребителем указанного требования в трехдневный срок безвозмездно предоставить потребителю на период ремонта товар длительного пользования, обладающий этими же основными потребительскими свойствами, обеспечив доставку за свой счет.

У них после 45 го дня капает неустойка.

И вообще - у вас правоотношения с продавцом, а не с СЦ, полагаю.

Ситуацию надо оценивать дополнительно, советую обратиться к юристам.