Почему положен отпуск после лечения в госпитале и пребывания в санатории?

Нет, лечение в стационаре не заменяет отпуск как таковой. Если человек стал военнослужащим после мобилизации, то его служба регламентируется общими правилами Положения о порядке прохождения военной службы, которое было утверждено Указом Президента РФ №1237 от 16.09.99 и ФЗ «О статусе военнослужащих» №76-ФЗ от 27.05.98.

Указанные нормативные акты предусматривают, что военнослужащие имеют право на ежегодный отпуск продолжительностью 30 суток, который может им предоставляться приказом командира, лечение в стационаре это — часть медицинского обслуживания военнослужащих, которое также должно осуществляться командованием части с привлечением медицинских специалистов, но само по себе пребывание в стационаре не засчитывается автоматически как время отпуска. Более того, в соответствии с установленным порядком медицинского обслуживания военнослужащих, в отдельных случаях, с учётом рекомендаций врачей и характера заболевания/результатов лечения, военнослужащему должен предоставляться отдельный отпуск для реабилитации после болезни, это также не считается ежегодным отпуском, который положен всем военнослужащим.

Так что в зависимости от результатов лечения и выводов медиков после лечения в стационаре, рапорт на предоставление отпуска в общем порядке (как для всех военнослужащих) может подаваться.