С какого дня будут зафиксированы прогулы, за какой период будут наказания?

Начальник отдела принял меня на работу с трудовым договором на неограниченный срок. Оформлена на 0,5 ставки по основному месту работы с февраля 2012. работа выполнялась удаленно (я проживаю в другом городе, место работы - в другом). такое положение дел его устраивало, работа выполнялась. Я забеременела, устно начальник был уведомлен. А сейчас меня пытаются уволить по сокращению штатной численности. Я проговариваю свои права беременной. Начальник заявил, что мне следует соглашаться, а иначе по статье через суд за неприсутсвие на рабочем месте все равно уволят. По трудовому договору у меня 4 часовой рабочий день в режиме гибкого рабочего времени с 9 до 18. на работе пропускная система (вертушка) - то есть у них реально могут быть свидетельства моего отсутствия на рабочем месте по данным проходной. Зарплата выплачивалась регулярно. Я понимаю, что не уволят, а могут применить дисциплинарное наказание в виде взыскания выплаченных средств. С какого дня будут зафиксированы прогулы, за какой период будут наказания? И будет ли запись о нарушении трудовой дисциплины в трудовой книжке? Справка о беременности от врача имеется, на ней, конечно же, штамп адреса ЖК в другом городе. Уведомление прислали по факсу, предложив подписать его и выслать обратно, а по приезду в тот город, потом, подписать по-нормальному. Я еще ничего не подписывала и никуда ничего не высылала.