Работодатель должен удерживать алименты при предоставлении дополнительных дней отдыха с оплатой по среднему.

Да, должен.

(Постановление Правительства РФ от 18.07.1996 N 841 "О Перечне видов заработной платы и иного дохода, из которых производится удержание алиментов на несовершеннолетних детей"):

1. Удержание алиментов на содержание несовершеннолетних детей производится со всех видов заработной платы (денежного вознаграждения, содержания) и дополнительного вознаграждения как по основному месту работы, так и за работу по совместительству, которые получают родители в денежной (рублях или иностранной валюте) и натуральной форме, в том числе:...

к) с суммы среднего заработка, сохраняемого за работником во всех случаях, предусмотренных законодательством о труде, в том числе во время отпуска;

(ТК РФ Статья 262. Дополнительные выходные дни лицам, осуществляющим уход за детьми-инвалидами):

Одному из родителей (опекуну, попечителю) для ухода за детьми-инвалидами по его письменному заявлению предоставляются четыре дополнительных оплачиваемых выходных дня в месяц, которые могут быть использованы одним из указанных лиц либо разделены ими между собой по их усмотрению. Оплата каждого дополнительного выходного дня производится в размере среднего заработка и порядке, который устанавливается федеральными законами. Порядок предоставления указанных дополнительных оплачиваемых выходных дней устанавливается Правительством Российской Федерации.