Поездки в другой город на работу - выплаты и ответственность

Я работаю специалистом по охране труда на железной дороге по целевому договору. Отработала 1.5 года, осталось ещё 1.5 года. Моё место работы находится в городе А, а сама живу в городе В. Расстояние между городами 250-300 км. По ТД моё рабочее место в городе А. Фактически оно находится в городе В. Т.к. с работодателем изначально обговорено то, что я буду из города В (где проживаю) в город А ездить 2 раза в неделю. Поездка занимает 3 часа только в одну сторону. Уезжаю из города Б в 6 утра, и приезжаю обратно уже около полуночи. Так ходит жд транспорт. На ЖД транспорт работодатель мне выписал льготный проезд. В город А я езжу чтобы привозить документы шефу на подпись, поскольку коллеги отказываются в содействии помочь что-то распечатать. Недавно была проверка документов и некоторых документов не хватало к проверке. По этой причине меня лишили премии на 1 месяц. Потом была вторая проверка и документы были не в полном объёме. Подскажите, должны ли мне оформляться какие то дополнительные выплаты (командировочные) при поездках? Как разорвать отношения с работодателем без выплаты по целевому? Грозит ли какая то ответственность мне как специалисту за не предоставление соответствующих документов. Какие есть пути решения из этой ситуации?