Неужели, даже будучи собственником квартиры, я не могу туда прописывать кого-либо по своему усмотрению?

Ответ паспортного стола незаконен. Постановлением Конституционного Суда РФ от 2 февраля 1998 г. N 4-П "По делу о проверке конституционности пунктов 10, 12 и 21 Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 17 июля 1995 года N 713" пункты 10, 12 и 21 Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 17 июля 1995 года N 713, признаны не соответствующими Конституции Российской Федерации, ее статьям 27 (часть 1) и 55 (часть 3). П. 21 предусматривал отказ в регистрации в связи с недостатком жилой площади.

В соответствии с ч. 1 ст. 27 Конституции Российской Федерации "каждый, кто законно находится на территории Российской Федерации, имеет право свободно передвигаться, выбирать место пребывания и жительства". Данное положение закреплено в Законе РФ от 25 июня 1993 г. N 5242-I "О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации". Указанным Законом предусмотрена обязанность граждан РФ регистрироваться по месту жительства при его изменении. Органами, отвечающими за регистрацию, в соответствии с данным Законом являются органы внутренних дел. Статьей 8 Закона в соответствии с Конституцией РФ предусмотрен исчерпывающий перечень оснований ограничения права граждан РФ на свободу передвижения, выбор места жительства и места пребывания. Допускаемые ограничения прав и свобод гражданина возможны лишь на федеральном уровне, субъекты Российской Федерации такими полномочиями не наделены ( ч. 3 ст. 55 Конституции РФ). Правила регистрации и снятия граждан РФ с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации утверждены Постановлением Правительства РФ от 17 июля 1995 года № 713, а аналогичные правила в городе Москве - Постановлением Правительства Москвы от 6 апреля 2004 года № 189-ПП. Ни одним из вышеперечисленных нормативно-правовых актов не предусмотрен отказ в регистрации по месту жительства в связи с недостатком жилой площади. Следовательно, данный отказ влечет ограничение конституционных прав граждан на свободу передвижения и выбор места жительства.

Ваш вопрос вполне решается в судебном порядке. Для этого Вам необходимо получить отказ в письменном виде и обжаловать его в суд в течение 3 месяцев. В случае необходимости обращайтесь. С уважением, Дмитрий Константинович.