Имеет ли право руководитель образовательного учреждения заставить сотрудников отмечать в журнале приход на работу.

Да, если такое требование содержится в локальных нормативных актах учебного заведения.

не имеет. Если это будет делать отдельный сотрудник, то может быть так. Например, если я учитель, а мне сказали, что я теперь должен осуществлять функцию по учету времени, когда я прихожу и ухожу. Это тоже самое, что доп. рабочие обязанности. А если сотрудников отмечает охранник например, это можно сделать. А приказ он поможет, если при этом будет доплата за эту функцию.