Я уволен, но не исключён из списков части, так как при прохождении ВВК у меня обнаружили заболевание и ВВК прервали.

Вас не имеют права исключить из списков части в период нахождения на стационарном лечении. Вопрос с отпусками после лечения. Часто делают так. Предоставляют отпуск,последний день отпуска исключение из списков части.

Федеральный закон "О воинской обязанности и военной службе"

Статья 38. Срок военной службы для военнослужащих, проходящих военную службу по призыву или по контракту

11. Окончанием военной службы считается дата исключения военнослужащего из списков личного состава воинской части.

Военнослужащий должен быть исключен из списков личного состава воинской части в день истечения срока его военной службы, за исключением случаев, когда:

военнослужащий находится на стационарном лечении;