Нужно ли регистрировать мигрантов (квартирантов) в квартире которую они снимают?

Это их обязанность, а не ваша. Вы сдаете квартиру и не обязаны предоставлять им прописку. Законодательство не содержит обязанности для собственника предоставлять такое согласие, даже если договор аренды заключен на срок более 90 дней. НО, по нормам законодательства, в случае неисполнения арендатором обязанности по оформлению временной регистрации собственник должен уведомить орган регистрационного учета о том, что в его помещении проживают незарегистрированные лица. Сделать это нужно в течение трех рабочих дней после истечения 90-дневного срока сдачи жилого помещения (п. 35 Правил, утв. Постановлением № 713). Соблюдение исполнения данной обязанности контролируют органы МВД. Есть специальный регламент по реализации мер такого контроля (Приказ МВД России от 24.04.2018 № 249). Нарушение срока уведомления о незарегистрированных лицах влечет за собой административную ответственность (п. 37 Правил, утв. Постановлением № 713, ст. 19.15.2 КоАП РФ). По общему правилу, собственнику грозит штраф в размере от двух тысяч до пяти тысяч рублей.

Так что совет один. Не связываться с мигрантами вообще или перезаключать договор, каждые три месяца

Нужна регистрация всем мигрантам

Нужна регистрация всем мигрантам. Таковы требования закона.