А вот участок, на котором он находится в общедолевой, так как выделить в отдельные доли из-за образующихся малых наделов, нельзя.

Сергей, здравствуйте. Нет тут никаких противоречий. Есть принцип единства земли и находящихся на ней строений. Вам принадлежит не только строение, но и доля в праве на земельный участок под строением. То есть, два объекта недвижимости. В таком случае их надо продавать обязательно одновременно, иначе договор купли-продажи может быть признан незаключенным. Никаких "автоматов" тут нет, если это не квартира в многоквартирном доме, а отдельное строение.

В договоре Вы обязаны указать оба объекта недвижимости. А один из них находится не в единоличной, а в общедолевой собственности. Потому возникает обязанность соблюдения ст. 250 ГК РФ. А эта статья требует предлагать другим сособственникам "прочие равные условия", т.е. ВСЕ условия, которые будут в договоре купли-продажи (в том числе одновременная продажа стрроения с долей земельного участка).

Обязательна нотариальная форма сделки (т.к. отчуждается доля).

В моей юридической практике подобные ситуации были. В России далеко не все зарегистрированные Росреестром сделки на 100% соответствуют закону. Некоторым удается зарегистрировать сделки по отчуждению в таких ситуациях только таунхауса без указания в договоре права на долю в земельном участке. А доля в земле продолжает числиться по сведениям ЕГРН за прежним собственником таунхауса. Но в таких случаях остается постоянный риск признания подобной сделки незаключенной в связи с отсутствием в ней соглашения по всем существенным условиям (т.е. по земле в том числе).

Также рекомендую еще раз со специалистами проверить, действительно ли на Вашу долю в земельном участке приходится менее минимального размера и выдел в натуре невозможен. Например, в Подольске при признании дома домом блокированной застройки можно всего две сотки выделить в отдельный самостоятельный земельный участок с видом разрешенного использования для размещения дома блокированной застройки.