Почему суд не вернул госпошлину и взыскал с истца в бюджет?

Суммы не обязаны складываться в 40 000 рублей, поскольку это разные операции.

Из уплаченных 40 000 рублей суд указал:

7 000 рублей взыскать с ответчика в вашу пользу как возмещение части расходов.

16 000 рублей вернуть вам из федерального бюджета как излишне уплаченную пошлину.

Оставшаяся часть ранее уплаченной пошлины составляет 17 000 рублей. Она остается расходом истца из-за отказа в части требований.

Дополнительные 4 000 рублей, взысканные с истца в бюджет, могут означать, что суд рассчитал надлежащую госпошлину в размере 44 000 рублей, а не 40 000 рублей. Тогда итоговая нагрузка распределена так:

40 000 рублей уплачено ранее.

4 000 рублей взыскано дополнительно.

16 000 рублей возвращается.

7 000 рублей возмещает ответчик.

Фактические расходы истца составляют 21 000 рублей.

Это может соответствовать доле требований, в которой суд отказал. При частичном удовлетворении судебные расходы распределяются пропорционально по статье 98 ГПК РФ. Возврат из бюджета возможен при излишней уплате госпошлины по статье 333.40 НК РФ.

Но без мотивировочной и резолютивной частей нельзя установить, верно ли суд рассчитал 4 000 рублей. Пришлите страницы решения, где указаны цена иска, удовлетворенные суммы и распределение госпошлины. Там должна быть формула расчета. Если ее нет либо арифметика неверна, это основание для заявления об исправлении арифметической ошибки или для довода в апелляционной жалобе.