Как проверить правомочность руководителя при заключении ДДУ с застройщиком, проданной генеральным директором?

Если он в марте этого года продал 100% своей доли, значит он не является учредителем фирмы. Одноврменно, следует помнить, что данный гражданин стал единоличным исполнительным органом (Генеральным директором, директором и т.п.), а учредителем стал другой человек - покупатель его доли.

Для того, чтобы понять правомочность подписания гражданско-правовых договоров данным лицом Вам следует запросить от данной организации перечень учредительных документов (Устав, протокол об избрании на должность и.т.п.), не лишним будет также заказать Выписку из ЕГРЮЛ в ИФНС и только путем тщетного анализа данных документов, вы сможете понять имеет ли право данное лицо подписывать договор долевого участия в строительстве.

директор работает на основании трудового договора (но в нем же не прописаны полномочия)?

Именно в трудовом договоре и прописаны полномочия.

Правомочность лица на право действовать от имени юридического лица удостоверяется Уставом юридического лица. где в разделе "Органы управления" прописаны наименования лиц, действующих от имени юридического лица без доверенности (директор, генеральный директор). Это лицо в силу закона может и не быть участником (учредителем) юрлица. Остальные лица действуют от имени юрлица на основапнии выданной им доверенности лицом, действующим без доверенности в силу Устава. Какое это лицо на настоящее время, вы можете узнать. заказав виписку из ЕГРЮЛ, в этом вы правы.

Если Устав 2007 года, а протокол об избрании ген директора есть и он тоже датирован до марта 2013 г, каким еще документом можно подтвердить право подписывать ДДУ, или протокол избрания на должность должен быть новый, мне его не предоставили, сославшись на то что директор работает на основании трудового договора (но в нем же не прописаны полномочия)?