Что делать если частный дом попадает под строительство железнодорожной магистрали? Земля в собственности а дом нет.

Торговаться с тем органом, который представляет сторону государства, при изъятии.

ГК РФ.

"Статья 281. Выкупная цена земельного участка, изымаемого для государственных или муниципальных нужд

1. Плата за земельный участок, изымаемый для государственных или муниципальных нужд (выкупная цена), сроки и другие условия выкупа определяются соглашением с собственником участка. Соглашение включает обязательство Российской Федерации, субъекта Российской Федерации или муниципального образования уплатить выкупную цену за изымаемый участок.

2. При определении выкупной цены в нее включаются рыночная стоимость земельного участка и находящегося на нем недвижимого имущества, а также все убытки, причиненные собственнику изъятием земельного участка, включая убытки, которые он несет в связи с досрочным прекращением своих обязательств перед третьими лицами, в том числе упущенную выгоду.

3. По соглашению с собственником ему может быть предоставлен взамен участка, изымаемого для государственных или муниципальных нужд, другой земельный участок с зачетом его стоимости в выкупную цену.

Статья 282. Выкуп земельного участка для государственных или муниципальных нужд по решению суда

Если собственник не согласен с решением об изъятии у него земельного участка для государственных или муниципальных нужд либо с ним не достигнуто соглашение о выкупной цене или других условиях выкупа, федеральный орган исполнительной власти, орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации или орган местного самоуправления, принявший такое решение, может предъявить иск о выкупе земельного участка в суд. Иск о выкупе земельного участка для государственных или муниципальных нужд может быть предъявлен в течение трех лет с момента направления собственнику участка уведомления, указанного в пункте 3 статьи 279 настоящего Кодекса".