В 1997 г. было получено разрешение на постройку мастерской на чердаке.

Ваша проблема подпадает под действие ст. 222 Гражданского кодекса РФ (самоводльная постройка). Субъектом самовольной постройки может быть любое физическое или юридическое лицо, которое нарушило установленные для постройки требования, не имеет соотвествующего разрешения или существенно нарушило градостроительные и строительные нормы и правила. Поскольку вы получили разрешение только на строительство мастерской, то перестройка мастерской под жилое помещение подпадает под статус самовольной постройки. Согласно Федеральному закону от 17 ноября 1995 г. "Об архитектурной деятельности в Российской Федерации" строительство любого объекта должно вестись при наличии следующих условий: 1) разрешение собственника земельного участка и (или) здания, сооружения; и 2) соблюдение градостроительных, строительных норм и правил. Застройщик, имеющий намерение осуществить строительство объекта, для которого требуется разрешение на строительство, обязан иметь архитектурный проект, выполненный в соответствии с архитектурно-планировочным заданием архитектором, имеющим лицензию на архитектурную деятельность. Определение перечня объектов, для строительства которых разрешения не требуется, относится к полномочиям органов государственной власти субъектов РФ (п. 2 ст. 3 Закона "Об архитектурной деятельности в РФ). Правовым последствием самовольной постройки является то, что лицо не приобретает право собственности на неё. Сама постройка не считается недвижимостью и не подлежит государственной регистрации. Лицо, осуществившее такую постройку, является лишь собственником стройматериалов. Однако, в вашем случае есть пожалуй единственный выход - это признание права собственности на самовольную постройку в судебном порядке (п. 3 ст. 222 ГК РФ). Такое право может быть признано судом только в случае, если постройка не нарушает законные интересы других лиц и не создается угроза жизни и здоровью граждан. Безопасность самовольной постройки и возможность её эксплуатации должны быть подтверждена соответствующими решениями (разрешениями) органов санитарного надзора, пожарной охраны, архитектурного и строительного контроля и др. Эти документы вы должны будете предстваить в суд.