Компания отказывается платить зарплату новому командиру, утверждая отсутствие соответствующей должности в штатном расписании

Вы трудовой договор заключали ? Что в нем ? Приказ о назначении командиром воздушного судна есть ?

Солгласно ТК РФ Статья 72.1. Перевод на другую работу. Перемещение

(введена Федеральным законом от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

Перевод на другую работу - постоянное или временное изменение трудовой функции работника и (или) структурного подразделения, в котором работает работник (если структурное подразделение было указано в трудовом договоре), при продолжении работы у того же работодателя, а также перевод на работу в другую местность вместе с работодателем. Перевод на другую работу допускается только с письменного согласия работника, за исключением случаев, предусмотренных частями второй и третьей статьи 72.2 настоящего Кодекса.

По письменной просьбе работника или с его письменного согласия может быть осуществлен перевод работника на постоянную работу к другому работодателю. При этом трудовой договор по прежнему месту работы прекращается (пункт 5 части первой статьи 77 настоящего Кодекса).

Не требует согласия работника перемещение его у того же работодателя на другое рабочее место, в другое структурное подразделение, расположенное в той же местности, поручение ему работы на другом механизме или агрегате, если это не влечет за собой изменения определенных сторонами условий трудового договора.

Запрещается переводить и перемещать работника на работу, противопоказанную ему по состоянию здоровья.

Должности в организации должны соответствовать штатному расписанию. Если в штатном расписании нет дополнительной единицы командира, то вас не могут перевести на эту должность.