Посоветуйте, пожалуйста, как лучше правильно поступить в такой ситуации:

Судя по тексту вопроса, проблем с пенсионным фондом из-за наименования должности не будет. Закон обязывает указывать должность (профессию) в соответствии с ЕТКС только в случае, если с этим связано предоставление определенных льгот. Помощник руководителя или помощник Председателя правления льгот по пенсионному законодательству не имеет. Поэтому можете указывать как хотите.

ТК РФ.

"Статья 57. Содержание трудового договора

В трудовом договоре указываются:

фамилия, имя, отчество работника и наименование работодателя (фамилия, имя, отчество работодателя - физического лица), заключивших трудовой договор.

Существенными условиями трудового договора являются:

место работы (с указанием структурного подразделения);

дата начала работы;

наименование должности, специальности, профессии с указанием квалификации в соответствии со штатным расписанием организации или конкретная трудовая функция. Если в соответствии с федеральными законами с выполнением работ по определенным должностям, специальностям или профессиям связано предоставление льгот либо наличие ограничений, то наименование этих должностей, специальностей или профессий и квалификационные требования к ним должны соответствовать наименованиям и требованиям, указанным в квалификационных справочниках, утверждаемых в порядке, устанавливаемом Правительством Российской Федерации".